Biyoinformatik Çalışma Grubu

Biyoinformatik genel olarak biyolojik problemlerin çözümünde bilişim teknolojilerinin kullanılması olarak tanımlanabilir. En dar tanımı ile genomik dizileri destekleyen biyolojik veritabanlarının oluşturulması ve işletilmesi, en geniş tanımı ile de mevcut tüm bilgisayar uygulamalarının biyolojik problemlerin çözümünde kullanılması olarak anlaşılır.

Biyoinformatik modern biyolojinin iki temel bilgi akışını kapsar:

1. Genetik bilgi akışı: Bir organizmanın DNA’sı incelenerek özelliklerinin belirlenmesinden, incelenen bu organizma türünün oluşturduğu toplulukların karakteristik özelliklerine kadar olan bilgi akışı. Elde edilen DNA bilgisi tekrar genetik havuzun tanımlanması için kullanılır.

2. Deneysel bilgi akışı: Biyolojik olaylar gözlenerek elde edilen bilgi, açıklayıcı modeller ile tarif edilir, daha sonra bu modellerin doğruluğu yeni deneyler ile test edilir.

Son yirmi yılda temel biyolojik araştırmaların klinik tıp uygulamaları ve klinik tıp bilgi sistemleri üzerindeki etkisi daha da belirleyici olmuş ve bugün yeni kuşak epidemiyolojik, tanı, teşhis ve tedavi amaçlı modüllerin ortaya çıkmasına yol açmıştır. Biyoinformatik çalışmalar temel bilimsel araştırmalara yönelik görünmekle beraber önümüzdeki on yıl içinde klinik bilişim için vazgeçilmez olacaktır. Örneğin hastaların medikal formlarında giderek artan bir sıklıkla DNA dizilim bilgileri yer almaya başlayacaktır. Bugün ABD‘de bazı sigorta şirketleri, risk primleri belirlenirken mevcut genetik tarama test sonuçlarını talep edebilmektedir.

Biyoinformatik çalışma grubu; Maya (S. cerevisiae ve S. pombe) genomunda farklı DNA yapılarının (Z-DNA, G-Quadruplex vb) araştırılması ve ilgili yapılar ile gen fonksiyonları arasındaki etkileşimlerin belirlenmesi çalışmalarını yürütmektedir. Model organizma olması nedeniyle, özellikle S. pombe genomundan elde edilecek bu bilgiler; hayvan ve insan moleküler çalışmaları (kanser, apoptoz, sistem biyolojisi vb) için yeni yaklaşımlar sunacaktır. Çalışma grubu ayrıca, bitkilerde biyoinformatik destekli moleküler markır belirleme konusunda da çalışmalar yapmaktadır.

Proje: S. pombe genomunda Z-DNA oluşumlarının web tabanlı programlar aracılığıyla saptanması.

Biyoinformatik Çalışma Grubu

  • Doç. Dr. Ercan Arıcan
  • Y.Doç. Dr. Bedia Gemici Palabıyık
  • Araş. Gör. Dr. Neslihan Turgut Kara
  • Araş. Gör. Dr. Çağatay Tarhan
  • Araş. Gör. Dr. Özgür çakır
  • Araş. Gör. Semih Ekimler
  • Neşe Akçay (Doktora öğrencisi)
  • Ebru Kanımdan (Yüksek Lisans öğrencisi)

 

 

22/03/2013
4729 defa okundu

İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü

PK 34134, Vezneciler / İstanbul

Tel: 0 (212) 440 00 00